Tahun demi tahun berlalu hingga pada akhirnya di tahun 2003-2004 mereka berdua mendapatkan jatah Rehab dan diupgrade menjadi Lokomotif CC 201 namun dengan menambahkan Kode R di plat penomoran bawahnya maupun di plat penomoran sampingnya. Sampai pada akhirnya di tahun 2011 dikeluarkanlah kebijakan peraturan terbaru dari Kementerian Perhubungan yaitu “Peraturan Menteri Perhubungan No. PM 45 tahun 2016” yang membuat mereka berdua harus menanggalkan nomor lama atau nomor asli mereka yaitu CC 201-139R dan CC 201-140R, mereka berdua pun memakai nomor baru mereka yaitu CC 201 04 02 dan CC 201 04 03R.
Mereka berdua pun setia sebagai bagian dari Armada Dipo Lokomotif Semarang Poncol (SMC) hingga pada akhirnya di medio Tahun 2014-2015 mereka masuk dalam Program Bedol Desa/Mutasi Lokomotif dari Pulau Jawa ke Sumatera Selatan. CC 201-139R dan CC 201-140R menjadi bagian yang dimutasi ke Sumatera Selatan atau Divisi Regional 3 Palembang (Divre III PG). Berikut inilah daftar lokomotif yang dimutasi ke Sumatera Selatan pada medio 2014-2015 lalu:
| No | Nomor Sarana Lokomotif | Depo Lokomotif Alokasi Awal | Depo Lokomotif Alokasi Baru | Depo Lokomotif terkini (Sekarang) |
| 1 | CC 201-128R (CC 201 99 02R) | Yogyakarta, Daop 6 (YK) | Kertapati, Divre III Palembang (KPT) | Medan, Divre I NAD Sumut (MDN) |
| 2 | CC 201-138R (CC 201 04 01) | Semarang Poncol, Daop 4 (SMC) | Kertapati, Divre III Palembang (KPT) | Medan, Divre I NAD Sumut (MDN) |
| 3 | CC 201-139R (CC 201 04 02) | Semarang Poncol, Daop 4 (SMC) | Kertapati, Divre III Palembang (KPT) | Yogyakarta, Daop 6 (YK) |
| 4 | CC 201-140R (CC 201 04 03R) | Semarang Poncol, Daop 4 (SMC) | Kertapati, Divre III Palembang (KPT) | Yogyakarta, Daop 6 (YK) |
| 5 | CC 201-141R (CC 201 04 04R) | Semarang Poncol, Daop 4 (SMC) | Kertapati, Divre III Palembang (KPT) | Medan, Divre I NAD Sumut (MDN) |
Mereka berdua dimutasi kesana untuk memenuhi kebutuhan Armada Divre III PG untuk menarik KA Penumpang (seperti : KA Bukit Serelo,KA Limeks Sriwijaya,KA Kuala Stabas & KA Sindang Marga), KA Barang Batubara Ninja (Sekarang sudah tidak beroperasi), KA Ketel BBM Kertapati-Lubuklinggau (Linggapati Tanker) dll, setelah dimutasi pada medio 2014-2015 lalu. Mereka berdua mendapatkan Perawatan Akhir (PA) dan Livery/Seragam 2 Lokomotif berubah menjadi Merah Biru atau biasa dijuluki Livery Red n Blue (RNB) pada medio 2017-2018. Pada 2022 akhir mereka masuk dalam Daftar Mutasi Lokomotif dari Divre III untuk memenuhi Kebutuhan Angkutan Nataru 2022/2023 di Pulau Jawa, akhirnya pada Desember 2022 lalu dimutasi pulang lagi ke Jawa bersama dengan 2 Trainset KA Limeks Sriwijaya (KA Sriwijaya) menuju ke Pulau Jawa.
Namun di balik kembalinya mereka ke Jawa, nasib mereka berdua berbanding terbalik. Hal ini diakibatkan karena Komponen Suku Cadang mereka berdua yang didonorkan/dikanibal untuk lokomotif CC 201 dan CC 203 lainnya sehingga mereka yang awalnya diharapkan bisa berdinas KA Penumpang pupus, dan hal itu diperparah oleh karena kondisi mereka sebelum dimutasi adalah digolongkan sebagai Lokomotif Tenaga Lemah yang hanya bisa digunakan sebagai Lokomotif Pelangsir, namun pengecualian untuk CC 201-140R kondisinya tergolong baik karena saat akan menjalani GCU (General Check Up) lokomotif ini bisa berjalan sendiri tanpa harus ditarik oleh lokomotif lainnya, sedangkan CC 201-139R kondisinya tidak baik dan lokomotif ini tidak bisa berjalan sendiri sehingga ketika masuk Balai Yasa Pengok, Yogyakarta lokomotif ini ditarik oleh lokomotif yang dalam kondisi baik yang juga akan masuk ke Balai Yasa.
